Em 2001, as lideranças indígenas Guarani da cidade de São Paulo procuraram a Secretaria Municipal de Educação de São Paulo com o desejo de construir um centro de educação e cultura diferenciado, essencialmente indígena, objetivando reafirmar e fortalecer as raízes e a autonomia do povo Guarani. Foram acolhidos nos seus propósitos e, assim, concebeu-se o Centro de Educação e Cultura Indígena - CECI.
Visando construir e fortalecer uma política de inclusão das diferentes etnias, tanto o Projeto Arquitetônico quanto a Proposta Pedagógica foram construídas conjuntamente entre técnicos de SME e as lideranças indígenas de cada aldeia Guarani.